Der Ursprung unserer Gemeinde liegt in Merklinghausen, einem Hofgut an der Nuhne, am Südostrand des heutigen Hallenberg. Im Jahr 1002 stattete der Kölner Erzbischof Heribert die von ihm gegründete Benediktinerabtei zu Deutz mit dieser Besitzung aus. Merklinghausen gehörte damals zur Urpfarrei Medebach. Es hatte bereits eine kleine Kapelle, die 1120 unter dem Deutzer Abt Rupert auf ihre heutige Größe erweitert wurde und bis auf die heutige Zeit als „Unterkirche“ genutzt wird.
Im Zuge der Stadtgründung durch Erzbischof und Kurfürst Konrad von Hochstaden um 1250 wurde im Zentrum der neuen Stadt die heutige Pfarrkirche errichtet, die zunächst unter dem Patronat der hll. Nikolaus und Katharina stand, die bis 1423 von dem hl. Heribert abgelöst wurden. Im Nachgang der Reformation bis zum Kölnischen Krieg unter Erzbischof und Kurfürst Gebhard Truchseß von Waldburg war Hallenberg für einige Jahrzehnte bis 1584 protestantisch. 1821 kam Hallenberg mit dem Gebiet des Herzogtums Westfalen vom Bistum Köln zu Paderborn.
1919 kamen Schwestern vom Orden „Königin der Apostel“ nach Hallenberg und richteten im ehemaligen Bahnhofshotel ein Krankenhaus ein. Die Schwestern wirken bis heute am Ort. Hallenberg ist seit Jahrhunderten ein Marienwallfahrtsort. Die Unterkirche birgt das Gnadenbild „Unsere Liebe Frau von Merklinghausen“, eine Muttergottesstatue rheinischen Ursprungs vom Typus „Sedes Sapientiae“ aus dem 13. Jahrhundert, die wohl von den Deutzer Mönchen nach Merklinghausen gekommen ist. Das Gnadenbild galt lange Zeit als verschollen, so dass die Wallfahrt zeitweilig zum Erliegen kam, bis der Benediktinerpater Ansgar Pöllmann die Statue 1927 wiederentdeckte und die Wallfahrt so neu belebte. Im Jahr 2000 wurden die Pfarreien Hallenberg, Braunshausen, Hesborn und Liesen zum „Pastoralverbund Hallenberg“ zusammengefasst. Seit 2018 bildet unsere Gemeinde zusammen mit den Gemeinden der Pastoralverbünde Hallenberg und Medebach den neuen „Pastoralen Raum Medebach-Hallenberg“.
Zurzeit leben 2.500 Einwohner in der Gemeinde, davon sind 1.470 Katholiken.