Die älteste erhalten gebliebene Urkunde, die uns von der Existenz einer Kirche in Referinghausen berichtet, stammt aus dem Jahre 1526. 1781 fiel die Kirche dem großen Dorfbrand zum Opfer. 16 Jahre später (1797) konnte die Bevölkerung wieder in ein eigenes Gotteshaus gehen.
Seit 1921 wird ein regelmäßiger Gottesdienst gehalten und 1922 bekam die Kirchengemeinde einen eigenen Vikar. Im Jahr 1950 erfolgte die Ernennung zur Pfarrvikarie m.e.V.
Nach dem zweiten Weltkrieg wurde 1948 ein Erweiterungsbau nach Westen vorgenommen und ein großer Glockenturm vorgebaut. Eine uralte Linde musste weichen. Anlässlich der Grabungen fand man zwei Skelette: Der Sage nach sollen im dreißigjährigen Krieg zwei Schweden unter der Linde begraben worden sein.
Drei Renovierungen (1972, 1993/94 und 2022) haben dazu beigetragen, die Kirche in einem guten Zustand zu erhalten.
Als besondere Kostbarkeit besitzt die Kirche eine Sitzmadonna aus dem 13. Jahrhundert (romanisch, Weichholz 37 cm) mit Kopftuch und breiter flacher Krone. Sie hält in der Rechten einen runden Gegenstand (Apfel oder Weltkugel).
Im erhöhten Chor befindet sich der Altar im Barockstil, über dessen Mitte der Kirchenpatron St. Nikolaus thront. Er dürfte aus der Zeit des Kapellenbaues (Ende 18. Jahrh.) stammen. In der Mitte des Kirchenschiffes hängt eine Doppelmadonna (Weichholz, 137 cm hoch) aus dem 18. Jahrhundert. Gemäß Überlieferung soll die Madonna aus dem Kloster Glindfeld stammen.
Besonderheit: Auf Anfrage kann die historische Kniebank angeschaut werden, auf der Mutter Theresa gebetet hat (Anfrage beim Küster).
Der Kirche angegliedert ist ein 1922 erbautetes Pfarrvikariehaus für Vikar und Verwaltung, welches 1980/81 und 2017/18 renoviert wurde. Heute wird das Gebäude als Pfarrheim mit Pfarrbüro und Jugendraum genutzt.